São Gonçalo nasceu em Lagos, no Algarve, em Portugal, por volta do ano de 1370. Ainda jovem, aos 20 anos, tomou o hábito de Santo Agostinho no convento da Graça, onde, mais tarde, tornou-se presbítero da Ordem dos Eremitas.
Dedicou-se a uma vida de jejuns e de penitências, enquanto aplicava-se às letras e aos estudos. Homem zeloso na vivência da Regra Religiosa, virtuoso e cheio de pureza, Gonçalo dedicou-se também à pregação, chegando a ser superior de alguns mosteiros da sua Ordem. Distinguiu-se também pela sua dedicação em ensinar às crianças e aos incultos os preceitos cristãos.
Ele logo se destacou pelo amor ao estudo, embora, por um espírito de humildade, apesar de ter habilidades indiscutíveis, não quis aceitar o ensino em teologia.
Tendo se tornado sacerdote, ele era muito apreciado tanto como pregador quanto pelo cuidado das almas.